სახალხო დამცველთან არსებული ტოლერანტობის ცენტრი 2005 წლიდან არსებობს და აქტიურად მუშაობს საქართველოში ტოლერანტობის კულტურის განვითარებისა და თანასწორუფლებიანი გარემოს ჩამოყალიბებისთვის. ცენტრს მნიშვნელოვანი წვლილი შეაქვს რელიგიური და ეთნიკური უმცირესობების უფლებების დაცვაში. ამ კუთხით, იგი უმრავლესობისა და უმცირესობის ჯგუფებს შორის მრავალმხრივი დიალოგის ხელშემწყობ პირობებს ქმნის, ახორციელებს საგანმანათლებლო ღონისძიებებს, ავლენს რელიგიურ და ეთნიკურ ნიადაგზე დისკრიმინაციისა და ქსენოფობიის შემთხვევებს, სწავლობს ამ სფეროში არსებულ ტენდენციებს და სისტემური ხასიათის პრობლემებს.

ცენტრის ერთ-ერთი მთავარი საქმიანობაა სახალხო დამცველთან არსებული რელიგიური და ეთნიკური უმცირესობების საბჭოების კოორდინირება. საბჭოები წარმოადგენენ სივრცეს, სადაც რელიგიურ და ეთნიკურ უმცირესობებს საშუალება აქვთ იმსჯელონ და იმუშაონ მათთვის მნიშვნელოვან საკითხებზე. ამჟამად, ეთნიკური უმცირესობების საბჭო 100-მდე უმცირესობათა საკითხებზე მომუშავე ორგანიზაციას აერთიანებს, ხოლო რელიგიათა საბჭოში 30-ზე მეტი რელიგიური გაერთიანებაა წარმოდგენილი. საბჭოები, დღესდღეობით, უმცირესობათა ყველაზე დიდ საკონსულტაციო ფორუმებს წარმოადგენენ.

ტოლერანტობის ცენტრი ეთნიკურ უმცირესობათა საბჭოსთან ერთად ყოველწლიურად ახორციელებს შემწყნარებლობისა და სამოქალაქო ინტეგრაციის ეროვნული კონცეფციისა და სამოქმედო გეგმის მონიტორინგს, რითაც ხელს უწყობს ეროვნული ინტეგრაციის პროცესში უმცირესობების ჩართულობას.

ტოლერანტობის ცენტრი საკუთარ და საბჭოების საქმიანობას, ასევე უმცირესობებთან დაკავშირებულ საკითხებს მუდმივად აშუქებს თავის ვებგვერდზე (იხ. ბმულიwww.tolerantoba.ge). ვებგვერდზე აგრეთვე თავსდება ტოლერანტობის ცენტრის მიერ მომზადებული დოკუმენტური ფილმები და სტატიები რომლებიც უმცირესობების სხვადასხვა პრობლემატიკას, კულტურულ ტრადიციებს და ინტეგრაციის საკითხებს ეხება.

2008 წელს ტოლერანტობის ცენტრმა მოამზადა და გამოსცა ენციკლოპედიურ-საცნობარო ხასიათის ნაშრომები „რელიგიები საქართველოში“ და „ეთნოსები საქართველოში“.

ეს გამოცემები საქართველოში რელიგიური და ეთნიკური მრავალფეროვნების სისტემატიზაციის პირველი მასშტაბური მცდელობაა. წიგნებში აისახა საქართველოში არსებული ყველა ეთნიკური ჯგუფისა და რელიგიური გაერთიანების ისტორია, კულტურა, ეთნოგრაფია, ტრადიციები და თანამედროვე ყოფა.

2006-2010 წლის მანძილზე ტოლერანტობის ცენტრმა ჟურნალ „სოლიდარობის“ 39 ნომერი მოამზადა და გამოსცა. ჟურნალში ასახულია როგორც ეთნიკური და რელიგიური უმცირესობების პრობლემატიკა, ასევე სოციალური თანასწორობის, კანონის უზენაესობის, ადამიანის უფლებებისა და დემოკრატიის განვითარებასთან დაკავშირებული საკითხები.

ჟურნალ „სოლიდარობის“ ყველა ნომერი და ენციკლოპედიები „რელიგიები საქართველოში“ და „ეთნოსები საქართველოში“ ხელმისაწვდომია ვებ-გვერდზე:www.tolerantoba.ge

2011 წლამდე ტოლერანტობის ცენტრის მუშაობას მხარს უჭერდა გაერო განვითარების ფონდი. 2012-2014 წლებში ტოლერანტობის ცენტრი ფინანსდებოდა აშშ–ის საერთაშორისო განვითარების სააგენტოსა და საქართველოს გაეროს ასოციაციის პროექტის „ეროვნული ინტეგრაციის გაძლიერება“ (ANI) ფარგლებში. 2015 წლიდან ტოლერანტობის ცენტრი მუშაობს ამერიკის შეერთებული შტატების საერთაშორისო განვითარების სააგენტოს (USAID) მიერ დაფინანსებული გაეროს ასოციაციის პროგრამის „ტოლერანტობის, სამოქალაქო ცნობიერებისა და ინტეგრაციის გაძლიერება“ (PITA) მხარდაჭერით.